高新技術企業研發支出輔助賬的設置尤為重要，在進行研發支出輔助賬設置時，經常會涉及到以下編制問題,下面進行分析：
一、研發支出不以研發項目為單位設置明細核算，而是匯總核算。
二、研發費用輔助賬核算范圍和分配原則不清晰。
高企研發費用核算范圍涉及：人員人工費用，直接投入費用,折舊費用，無形資產攤銷費用，新產品設計費、新工藝規程制定費、新藥研制的臨床試驗費、勘探開發技術的現場試驗費，委托外部研究開發費用，以及其他費用。
存在多個研發項目時，領料、動力分配、燃料耗用等，多出現研發和生產共用的情況，或是多個研發項目共用。在這種情況下，應按照合理的依據，對歸集的研發費用在研發項目間分配；具體分配依據有按耗用工時統計分配工資成本，有按研發項目使用材料標準成本分配材料成本的。實務當中，一些成本核算能力較弱的企業，因人力等限制，工時、標準成本數據未統計或者沒有，操作中按研發所耗用的時間區間，有些會將人工、材料等費用按研發項目數量進行平均分配。
三、研發費用輔助賬下只有費用化支出,沒有資本化支出。
明細賬設置的費用化、資本化，同樣適用輔助賬要求。對于自主研發專利，會計核算上應當設置“研發支出”一級科目，下設“費用化支出”“資本化支出”兩個明細核算科目，不滿足資本化條件的計入“費用化支出”，滿足資本化條件的計入“資本化支出”。期末，將明細科目歸結的“費用化支出”金額轉入“研發費用”；資本化支出部分在達到預定用途時，轉入“無形資產”進行核算。
四、研發費用資本化不符合條件。
判斷標準：開發項目技術方案是否已經過技術團隊進行充分論證并通過、公司決策層已經批準立項申請、開發項目已充分進行前期市場調研、有足夠的技術和資金支持、開發項目支持能夠可靠地歸集等。
五、料、工、費核算不準確。
六、研發費用輔助賬項目與高新產品收入沒有對應關系。
